El día seis de diciembre de 1956 en los albores de la creación de la Diócesis de Duitama-Sogamoso, Monseñor José Joaquín Flórez Hernández, fundó mediante Decreto Numero 70 el Seminario Menor San José. Comenzó labores en 1957, bajo el patrocinio de San José en una sede ubicada en la carrera 13 con calle 17 de Duitama. Posteriormente, en julio de 1967, se trasladó a la actual sede construida por el interés de Mons. Julio Franco Arango, las donaciones de varios sacerdotes y de organizaciones internacionales.
La primera promoción de bachilleres estuvo conformada por nueve seminaristas que se graduaron el 18 de noviembre de ese año.
Repasando su historia, es necesario mencionar el paso dado en el año de 1972 cuando en compañía de otros trece seminarios menores del país, se firmó un acuerdo entre la Conferencia Episcopal de Colombia y el Ministerio de Educación Nacional, para extender el servicio educativo a más niños, mediante una plena utilización de los seminarios menores y se cambió su nombre por el de Colegio Seminario Diocesano. Nuestro actual Obispo, Mons. Carlos Prada Sanmiguel, con las motivaciones del proyecto educativo católico del Colegio y llevado por su permanente solicitud pastoral por el colegio logró suscribir el contrato actual con la Alcaldía de Duitama, en enero de 2003.
El Seminario ha sido una comunidad educativa en constante desarrollo y mejoramiento, gracias al compromiso y labor de sus integrantes, bajo el liderazgo de sus rectores, Monseñor Roberto Márquez Rivadeneira, el Padre Rafael Márquez Aponte, Monseñor Roberto Avella Talero, el Padre Alfonso Leal Barrera, el Licenciado Patrocinio Jiménez Rincón, el Padre Julio Roberto Montañez Rincón, el Padre Carlos Humberto Jiménez y desde enero de 2003 el Padre Edilberto Estupiñán Estupiñán.
En cuanto a la población beneficiada por su servicio educativo, en 1957 inició labores con 38 seminaristas y hoy cuenta con 1.562 estudiantes. Con el paso del tiempo el Colegio se fue destacando en Boyacá y Colombia por sus excelentes resultados académicos en las áreas fundamentales.
La mejor figuración del Colegio en las pruebas del ICFES ha sido en el año de 1980 cuando obtuvo el puesto duodécimo a nivel nacional entre 2.155 instituciones. Entre los años 2000 al 2003 el Seminario ha estado catalogado entre los 50 colegios ubicados en la categoría MUY SUPERIOR, mejorando cada año su puesto, así: en el 2000 con el puesto 44 y en el 2003 el puesto 30. A esa categoría MUY SUPERIOR llegaron 130 colegios entre 8.567. El promedio de los cuatro años le da al Colegio el puesto 26 entre los 50 de mejor y más consistente rendimiento.
Muchos de los estudiantes del Colegio Seminario Diocesano se han hecho acreedores a menciones especiales:
• Todos los años un buen número de estudiantes han obtenido la Mención Andrés Bello conferida por el ICFES a los mejores bachilleres.
• Matrícula y beca de honor a los tres mejores estudiantes otorgadas por la Universidad Nacional de Colombia a los colegios de categoría MUY SUPERIOR.
• El Colegio obtuvo el primer lugar en la XII Olimpiada Colombiana de Química del 2004, organizada por la Universidad Nacional con dos medallas de oro, dos de plata y una de bronce.
• A nivel internacional también se han obtenido distinciones y premios: una medalla de bronce en las Olimpíadas Iberoamericanas de Química, realizadas en Castellón de la Plana (España) en el año 2004, y otra de bronce en las Olimpíadas realizadas en octubre de 2004 en Salvador (Brasil).
Si se quiere indicar los factores asociados a estos altos desempeños de sus estudiantes, hay que mencionar el profesionalismo de los docentes, su trayectoria y estabilidad en el Colegio; el compromiso de los padres de familia, quienes no solamente consideran importante los logros del nivel académico, sino la visión cristiana del mundo y los valores que imprime la institución, y el tener un proyecto educativo basado en los principios y valores de la fe cristiana católica.
